أول تَسجيل لفيروئيد تشقق قلف الحمضيات (Citrus exocortis viroid, CEVd)على البصل وتحديد تَسلسلهُ الجيني الكامل باستخدام تقانة تسلسل الجيل التالي (NGS) في العراق

الملخص

هدفت هذه الدراسة إلى عزل وتشخيص فيروئيد تشقق قلف الحمضيات (CEVd) على نبات البصل وتوصيف أعراضه المرضية، وتحديد تسلسله الجيني الكامل في العراق ورسم الشجرة الوراثية له باستخدام تقنية تسلسل الجيل التالي (NGS) وبرامج المعلوماتية الحيوية (Bioinformatics). تم تأكيد وجود سلالة من هذا الفيروئيد في العراق تصيب نبات البصل وتسبب أعراضاً تتمثل في التواء الأوراق وتجعدها وتيّبس أطرافها، انثناءات حادة في الورقة وقصر طولها، إضافةً إلى إحداث تغيير في التركيب الأنبوبي الطبيعي للورقة وزيادة الحجم في مكان دون آخر. تمّ الحصول على 98945112 قراءة دقيقة تمثل تسلسلRNA  الكلي لعينات نبات البصل المصاب. ربطت هذه القراءات بالتسلسل المرجعي للفيروئيد بشكل كامل بواقع 49175 قراءة دقيقة وبطول 395 زوج قاعدي. استناداً للتسلسل الجيني الكامل، سُجّل هذا الفيروئيد لأول مرة في العراق تحت اسمCitrus exocortis viroid isolate Aan-Saladin  (CEVd Aan-saladin) في مكتبة الجينات التابعة للمركز الوطني لمعلومات التقانة الحيوية NCBI تحت الرمز التعريفي 589765.1OR. دلّت الشجرة الوراثية على وجود تقارب بين العزلة المشخصة CEVd Aan-Saladin وعزلة النجف OR024670.1 وعزلة تكريت ON993891.1 وعزلة بغداد OR343512.1 وابتعدت عن الفيروئيدات خارج المجموعة.

---

كلمات مفتاحية:

فيروئيد الحمضيات، أمراض البصل، تسلسل الجيل التالي، برامج المعلوماتية الحيوية، الجينوم الكامل، الشجرة الوراثية.